El Consejo Superior es la máxima autoridad colegiada resolutiva de la universidad, cuya función principal es velar por los intereses y por el cumplimiento de los fines de la Universidad, preservar su patrimonio y vincular su quehacer con las políticas nacionales y regionales, así como promover que la universidad contribuya al desarrollo del país.
Está integrado por nueve miembros, con derecho a voz a voto, que se designarán de la siguiente manera:
a) Cuatro representantes del Presidente o Presidenta de la República, quienes serán
profesionales de reconocida experiencia en actividades académicas o directivas.
b) Dos representantes de los académicos, electos de conformidad a la forma en que se elige
el Rector o Rectora.
c) Dos representantes del Senado Universitario.
d) El Rector o Rectora, quien lo presidirá

Decreto de Nombramiento Consejo Superior

Paulina Arriagada

Médico cirujano, Licenciado en Medicina Universidad Pontificia Universidad Católica de Chile Especialidad: Neurología Pontifica Universidad Católica de Chile.

Iñigo Díaz

Médico Veterinario, U. de Chile, Licenciado en Medicina Veterinaria, magíster en Producción Animal (1972) y especializaciones en Planificación en Salud y Producción Animal, Calidad de Productos Pecuarios. Profesor Titular-Categ. Académica Ordinaria Universidad de Chile.

Francisco Hervé Allamand

Geólogo. Profesor titular del Departamento de Geología, de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas de la Universidad de Chile.

Fabián Jaña

Académico del Departamento de Ciencias de la Salud de la Universidad de Aysén. Es Doctor en Farmacología Universidad de Chile y Licenciado en Ciencias con Mención en Biología, Universidad de Chile.

Baldemar Carrasco

Profesor de Castellano. Fue diputado por la región de Aysén entre los años entre 1969 y 1973 y durante el periodo 1990 – 1994. Además, fue Regidor por Coyhaique entre 1963 y 1967.